반복문에서 분기를 나누실때 비교하는 대상이 잘못되어서 그렇습니다.

while {_loop} is true:
    if block at location at {_x}, {_y}, {_z} in "world" is air:
        if block at location at {_x}, {_y}-1, {_z} in "world" is air:
            remove 1 from {_y}
        
        else:
            if block at location at {_x}, {_y}, {_z} in "world" is water:
                set {_x} to a random number between -3000 and 3000
                set {_y} to 90
                set {_z} to a random number between -3000 and 3000
            else:
                set {_loop} to false
teleport player to location at {_x}, {_y}, {_z} in "world"        

if block at location at {_x}, {_y}, {_z} in "world" is water:이 부분은
아랫블록과 비교해야하니 {_y}-1 이 맞겠죠. 그리고 마지막 텔레포트 부분도 {_y}-1 이어야합니다.

air, water, else는 비교하는 대상이 같기때문에 if else 한개로 묶어도 됩니다.

코드를 정리하면 아래와 같습니다.

while {_loop} is true:
    if block at location at {_x}, {_y}, {_z} in "world" is air:
        if block at location at {_x}, {_y}-1, {_z} in "world" is air:
            remove 1 from {_y}
        
        else if block at location at {_x}, {_y}-1, {_z} in "world" is water:
            set {_x} to a random number between -3000 and 3000
            set {_y} to 90
            set {_z} to a random number between -3000 and 3000

        else:
            set {_loop} to false
teleport player to location at {_x}, {_y}-1, {_z} in "world"    

이렇게 익스프레션이 긴 경우는 가독성이 떨어지기 때문에 변수로 잡아 사용하는 편이 좋습니다.
최종 코드는 아래와 같습니다.

while {_loop} is true:
    set {_block_top} to block at location at {_x}, {_y}, {_z} in "world"
    set {_block_bottom} to block at location at {_x}, {_y}-1, {_z} in "world"
    if {_block_top} is air:
        if {_block_bottom} is air:
            remove 1 from {_y}
        else if {_block_bottom} is water:
            set {_x} to a random number between -3000 and 3000
            set {_y} to 90
            set {_z} to a random number between -3000 and 3000
        else:
            set {_loop} to false
teleport player to {_block_bottom}